È, in ordine cronologico, il terzo romanzo. Uscì nella "Nuova Antologia" dal 1° gennaio al 16 aprile del 1888, e, l'anno stesso, in volume. Come prima opera del Fogazzaro tradotta in lingua francese, dava l'avvio alla fortuna mondiale del suo autore. È una lunghissima, quasi epistolare confidenza del protagonista a una signora sua amica. Il Poeta, un italiano ardente, narra in prima persona d'una sua passione per la figlia d'un pittore inglese, Violet Yves, incontrata a Lanzo d'Intelvi, e partita precipitosamente appena accortasi dell'amore di lui. Ella era promessa a un professore del ginnasio di Eichstätt, una cittadina sperduta nel Giura di Franconia, e temeva di venir meno alla propria parola, benché l'avesse data solo per pietà. Il Poeta raggiunge la fuggitiva in Germania, e a Eichstätt la vicenda tocca il suo vertice drammatico nella confessione d'un primo amore ch'è stato anche un peccato, fatta dalla protagonista al Poeta, pel quale ormai arde, e in un convegno notturno chiesto dal fidanzato al rivale solo per prospettargli l'opportunità di risparmiare alla creatura a entrambi cara ogni commozione violenta, perché forse, con la natura delicata di lei ed esistendo certi precedenti di famiglia, ella sarebbe morta. Durante una gita sul Reno, Violet ritrova l'uomo del primo amore, tornato in traccia di lei, in una reviviscenza di passione gelosa, e proprio questo primo amante provoca una di quelle commozioni che il ripudiato professore di Eichstätt deprecava: Violet morrà, iniziato appena il viaggio di nozze, dopo aver assistito, dal treno, a un colloquio violento tra il marito e quell'adoratore dei tempi lontani. Il Mistero del Poeta è il romanzo della passione italiana e della nostalgia esotica. "Non credo - ha detto G.A. Cesareo - che la nostra letteratura, dopo il poema lirico del Petrarca, abbia avuto un libro d'amore così schietto, vibrante, doloroso e umano". Fin dal 1888 esso inseriva la tradizione romanzesca italiana nell'europeismo, pur restando un delizioso specchio di vita provinciale. E forse la luce di limbo che lo avvolge e in cui il reale sembra scorporarsi ha fatto pensare alla Vita nuova di Dante e all'Enrico di Ofterdingen di Novalis. La critica del tempo istituiva volentieri il parallelo con il Sogno  di Emilio Zola, la cui protagonista muore pure nel giorno delle nozze. Tra i romanzi venuti dopo, è possibile il raccostamento con l'Ermanno Reali di Federico de Roberto, e con Tutti gli uomini sono nemici  di Richard Aldington, almeno per le pagine dedicate ai vagabondaggi, alle ansiose inchieste di Antony Claredon. Notevoli, nel Mistero del Poeta, le interpolazioni metriche: liriche attribuite al protagonista.